Dalam sejarah Indonesia sudah terbukti bahwa bendera merah putih telah dikibarkan pada tahun 1292 oleh tentara jayakatwang saat berperang melawan kekuasaan Kertanegara dari Singosari (1222-1292). Sejarah itu disebut dalam tulisan bahwa Jawa kuno yang memakai tahun 1216 Caka (1254 Masehi), menceritakan tentang perang antara Jayakatwang melawan R. Wijaya.
Di dalam buku
Mpu Prapanca karangannya Negara Kertagama menceritakan
tentang digunakannya warna Merah Putih dalam upacara hari kebesaran raja
pada waktu pemerintahan Hayam Wuruk yang bertahta di kerajaan Majapahit
tahun 1350-1389 M. Menurut Prapanca, gambar-gambar yang dilukiskan pada
kereta-kereta raja-raja yang menghadiri hari kebesaran itu
bermacam-macam antara lain kereta raja puteri Lasem dihiasi dengan
gambar buah meja yang berwarna merah. Atas dasar uraian itu, bahwa dalam
kerajaan Majapahit warna merah dan putih merupakan warna yang
dimuliakan.
Dalam suatu kitab tembo alam Minangkabau yang disalin pada tahun 1840
dari kitab yang lebih tua terdapat ambar bendera alam Minangkabau,
berwarna Merah Putih Hitam. Bendera ini merupakan pusaka peninggalan
jaman kerajaan Melayu Minangkabau dalam abad ke 14, ketika Maharaja
Adityawarman memerintah (1340-1347). Warna Merah = warna hulubalang
(yang menjalankan perintah) Warna Putih = warna agama (alim ulama) Warna
Hitam = warna adat Minangkabau (penghulu adat) – Warna merah putih
dikenal pula dengan sebutan warna Gula Kelapa. Di Kraton Solo terdapat
pusaka berbentuk bendera Merah Putih peninggalan Kyai Ageng Tarub, putra
Raden Wijaya, yang menurunkan raja-raja Jawa.
Dalam babat tanah Jawa yang bernama babad Mentawis (Jilid II hal 123)
disebutkan bahwa Ketika Sultan Agung berperang melawan negeri Pati.
Tentaranya bernaung di bawah bendera Merah. Sultan Agung memerintah
tahun 1613-1645.
Di bagian kepulauan lain di Indonesia juga menggunakan bendera merah
putih. Antara lain, bendera perang Sisingamangaraja IX dari tanah Batak
pun memakai warna merah putih sebagai warna benderanya , bergambar
pedang kembar warna putih dengan dasar merah menyala dan putih. Warna
merah dan putih ini adalah bendera perang Sisingamangaraja XII. Dua
pedang kembar melambangkan piso gaja dompak, pusaka raja-raja
Sisingamangaraja I-XII.
Ketika terjadi perang di Aceh, pejuang – pejuang Aceh telah menggunakan
bendera perang berupa umbul-umbul dengan warna merah dan putih, di
bagian belakang diaplikasikan gambar pedang, bulan sabit, matahari, dan
bintang serta beberapa ayat suci Al Quran.
Di jaman kerajaan Bugis Bone,Sulawesi Selatan sebelum Arung Palakka,
bendera Merah Putih, adalah simbol kekuasaan dan kebesaran kerajaan
Bone.Bendera Bone itu dikenal dengan nama Woromporang.
Pada umumnya warna Merah Putih merupakan lambang keberanian, kewiraan sedangkan warna Putih merupakan lambang kesucian.
Merah Putih Pada Abad 20
Bendera
Merah Putih berkibar untuk pertama kali dalam abad XX sebagai lambang
kemerdekaan ialah di benua Eropa. Pada tahun 1922 Perhimpunan Indonesia
mengibarkan bendera Merah Putih di negeri Belanda dengan kepala banteng
ditengah-tengahnya. Tujuan perhimpunan Indonesia Merdeka semboyan itu
juga digunakan untuk nama majalah yang diterbitkan.
Pada
tahun 1924 Perhimpunan Indonesia mengeluarkan buku peringatan 1908-1923
untuk memperingati hidup perkumpulan itu selama 15 tahun di Eropa.
Kulit buku peringatan itu bergambar bendera Merah Putih kepala banteng.
Dalam tahun 1927 lahirlah di kota Bandung Partai Nasional Indonesia
(PNI) yang mempunyai tujuan Indonesia Merdeka. PNI mengibarkan bendera
Merah Putih kepala banteng.
Pada tanggal 28 Oktober 1928 berkibarlah untuk pertama kalinya bendera
merah putih sebagai bandera kebangsaan yaitu dalam Konggres Indonesia
Muda di Jakarta. Sejak itu berkibarlah bendera kebangsaan Merah Putih di
seluruh kepulauan Indonesia.